你可能需要一个功能强大一点的文本编辑器……

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最近收到一些小伙伴使用OS tools作图出错的反馈,比如类似下面的问题,上调表达的数据没有展示出来:


将数据复制粘贴到Excel中,如下,也完全看不出问题,Omicshare的这些工具已上线很久,引用的SCI文章目前有一百多篇,已经受过了时间的检验,而大家使用OS tools只需准备数据和参数选择,所以99%的可能性是出在了文件格式上了。

那么,如何能发现在Excel中不容易发现的格式错误呢?这时你的电脑中除了记事本,还需要一款更强大一点的文本编辑器:Notepad++。它的占用内存小CPU功耗第,但执行效率确非常高,比如它可以打开一些Excel和记事本打不开的包含上万条序列的文本文件。

 

最重要的一点它完全免费,非常容易获取,大家可以到官网下载,有趣的是,首页LOGO中的变色龙真的会变色!

http://notepad-plus-plus.org/

 

至于软件的安装这里就不介绍了,我们将Excel中的数据另存为以制表符分隔的txt文件。由于有些Omicshare的萌新不知道怎么将Excel表格转成OS tool能识别的txt文件,这里做简单介绍,方法如下(这个是必备技能哦~):


 

我们这里用Notepad++打开刚才保存的txt文件,然后通过视图/显示符号/显示空格和制表符,如下,让空格和制表符显示出来。

 

让那些看不见的符号“现原形”之后,如下图,我们发现原来在所有的上调基因的ID后都有一个空格(点表示空格,箭头表示制表符)。就是这个空格让表格的列发生错位,导致作图失败。


 

找到了出错原因,接下来需要将空格删掉。这里有两千多个空格,手动删除是不可能的。这里用到Notepad++的查找替换功能。点搜索菜单下的查找(快捷键:Ctrl+F)进入查找窗口,在查找目标输入框中按一下空格键,然后点在当前文件中查找即可完成对空格的查找,如下:


接着切换到替换选项,替换为输入框什么都不输入,然后点全部替换按钮即可,如下。


查找替换后的结果如下,Ctrl+S保存之后即可用于OmicShare tools的分析作图。


由于Notepad++的查找替换支持正则表达式,以及它还有非常丰富的插件库,所以它可以完成一些更复杂的工作。但对于初次接触OmicShare的童鞋来说,将Excel表格另存成制表符分隔的txt文件之后,只需用Notepad++检查下是否有空格或空行就可以了,只要数据和填写的参数不出现特殊符号(比如,@,/,希腊字母等等)就基本上不会出错。至于坐标轴标题的单位,比如“(m/s)”,可在后期调整时再加上。

 

今天的内容就到这里了~


 
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